自1409年藏历正月宗喀巴·洛桑扎巴（1357-1419年）在拉萨召集规模宏大的祈愿大法会并于当年建成了藏传佛教格鲁派第一座寺院甘丹寺并由宗喀巴亲自担任了甘丹寺主持“甘丹赤巴”，故而历史上视甘丹赤巴为格鲁派教主之传统，享有极高地位，其选任制度有别于其他寺院寺主的传承方式，重学识而不重出身，通过严格选拔方可担任，这也正式应验了那句坊间趣话之“只要妈妈的孩儿有学识，甘丹赤巴任你当”。

由于甘丹赤巴被视为宗喀巴衣钵的继承者，故而在格鲁派中有很高的地位：一般来说，任职甘丹赤巴者即被认为是活佛；还有资格成为在达赖喇嘛去世后直到新的达赖喇嘛亲政前代理其职的西藏地方政府“摄政”候选人。在藏族社会中也享有很高的地位，受到极大的尊敬：人们向甘丹赤巴献供养布施，以此为荣耀，并认为这样做是一种“功德”；他出行时有人开道，仪仗中有香炉、黄伞，在旧西藏除了达赖、班禅和萨迦法王之外，只有甘丹赤巴才能享有这种待遇，甘丹赤巴的地位由此可见一斑。

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甘丹赤巴选任制度是一种比较特殊的形式，有别于其他寺院寺主的传承方式，主要体现在只重视佛学学识，而不重出身，通过层层考测、选拔，能成为甘丹赤巴者，大多不愧为一代佛学宗师。1419年宗喀巴圆寂前，将自己的衣钵传给了大弟子杰曹·达玛仁钦，之后杰曹杰继承了宗喀巴的职位，成为第二任甘丹赤巴；杰曹杰在他去世（1432年）的前一年即1431年委任宗喀巴的另一个大弟子克珠·格勒白桑担任甘丹寺主持，是为第三任甘丹赤巴。1438年克珠杰去世后，由宗喀巴另一个弟子夏鲁瓦·勒巴坚赞继任。这样一脉相承，甘丹寺一直以格鲁派中学问最好的僧人，赤钦·土登衮担任甘丹赤巴时，甘丹赤巴已经是第九十六任了。作为一种特殊传承制度下一个层面的“一个群体”，甘丹赤巴在藏族历史上起到了特殊的作用，更是使得一些人对藏族社会历史产生了巨大而深远的影响；尤其是因为其在藏族历史上的特殊地位—— “宗喀巴衣钵的继承者”、“格鲁派首寺主持”等种种身份职位决定了甘丹赤巴在藏传佛教发展历史上具有特殊的地位。

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甘丹赤巴选任制度使格鲁派格西学位制度定型按照宗喀巴大师的要求，担任甘丹赤巴者必须是先在某大寺院，按先显后密的次序、学完显教五部大论，取得“拉让巴”格西学位，然后进上密院或下密院修习密法，取得密宗学位，而后升任密院格贵、喇嘛翁则、堪布、堪苏等职，以及甘丹寺夏孜或强孜法王，才可成为甘丹赤巴的候选人。从文献的记载情况可以看出，所有甘丹赤巴的成长道路基本都是一样的：在某个寺院出家为僧，拜师学习以五部大论为主的经典，分阶段的游学辩经(期间其中一些人还 担任某寺讲修导师或者其他职务),考取格西学位，进入密宗院（上密院或下密院），担任翁则喇嘛、堪布、夏孜或强孜法王，然后有空缺时依次就任甘丹赤巴。

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一般来讲，从入寺为僧到升任甘丹赤巴，要经过如下阶段：“学字（2至3年）、学经（《对扎》部3至5年、《般若》部7年、《中观》部4年、 《俱舍》部4年、《戒律》部4年。计22至24年）、待考格西1至20年、修习密宗通过密宗立论考试5年、担任格贵4个月，喇嘛翁则3年、堪布3年、堪苏（若干年）、夏孜或绛孜法主（14年）,共计最少需五十余年”。经过了几十年的显密修习，通过了数十次甚至数百次的考试辩论，可以说能登上甘丹赤巴法座者应该都是名不虚传的饱学之士。在这种体制之下，格鲁派在数百年间，培养了一大批理论功底深厚、修行实践力强的高僧大德。

由于甘丹赤巴的选任制度的程式化，也使藏传佛教寺院教育制度程式化了，其各个学级、各个层次的格西辩经考试也逐渐程式化、制度化了。可以说格鲁派格西考试制度的形成是在甘丹赤巴的选任制度下逐渐成型的，甘丹赤巴选任制度对格鲁派格西制度的形成影响巨大。也可说因为甘丹赤巴的选任制度程式化使得藏传佛教寺院教育制度变得更加完整和规范化。